La Justicia encontró a Villamide penalmente responsable del delito de incumplimiento de los deberes de funcionario público en concurso ideal con estrago culposo agravado. En el mismo fallo, los jueces Mario Reynaldi, Enrique Baronet y Luis Giménez resolvieron absolver por unanimidad a los otros tres imputados: el contralmirante Luis Enrique López Mazzeo, el excapitán de navío Héctor Aníbal Alonso y el excapitán de fragata Hugo Miguel Correa.
Durante la investigación se constató que, meses antes de la tragedia iniciada el 15 de noviembre de 2017, el Consejo Asesor del Arma Submarina había advertido sobre graves deficiencias en la unidad. En una reunión mantenida en Mar del Plata, el capitán Pedro Martín Fernández expuso problemas técnicos que incluían fallas en la refrigeración, pérdidas hidráulicas, filtraciones de aire y combustible, además de sensores fuera de servicio.
El informe oficial precisó que el submarino acumulaba 39 meses sin el mantenimiento programado y que operaba bajo restricciones, con un límite de profundidad de 100 metros. Por esos motivos, se recomendó con urgencia el ingreso de la nave a dique seco para reparaciones estructurales.
El debate judicial también incorporó declaraciones de familiares de las víctimas. Susana Vizcarra, esposa del suboficial primero Walter Germán Real, dijo que su marido le había confiado que la unidad no estaba en óptimas condiciones operativas. En tanto, Esther Rojas, madre del cabo principal Luis Alberto Niz, sostuvo que a su hijo “le arrebataron la vida cuando mandaron a navegar un submarino que no estaba en condiciones”.
Jésica Gopar, viuda del cabo principal Fernando Gabriel Santilli, expresó entre lágrimas que “no es solo la pérdida de un familiar, es la vida que se te rompe”, al reflejar el impacto que dejó el siniestro en las familias de las víctimas. Los restos del ARA San Juan fueron localizados en noviembre de 2018 a 900 metros de profundidad en el lecho marino, un año después de su última comunicación con las bases de la Armada Argentina.